Los orígenes de Borja datan del siglo V a. C., época en la que era habitada por población celtíbera que moraba en  los cabezos de "El Castillo", "La Corona" y "La Cueva Esquilar" y donde llegó a acuñarse moneda propia llamada Bursau.

Fue conquistada por Roma en el siglo I a. C., alcanzando su mayor esplendor en el siglo VIII con la dominación musulmana, época en la que pasó a llamarse Burya (que significa torre). Fue reconquistada por el monarca Alfonso I "El Batallador" en le siglo XII, conviertiéndose en punto estratégico esencial para la defensa de posibles ataques castellanos y navarros. (La capitulación de Borja por Mª Teresa Ferrer Mallol).

Durante el reinado de Alfonso II, más concretamente el 1170 pasó a pertenecer al Reino de Castilla debido a la guerra entablada por este monarca contra Alfonso VIII de Castilla siendo de nuevo conquistada por los aragoneses. 

En 1438 recibió el título de Ciudad otorgada por el monarca Alfonso V de Aragón.

La comunidad judía fue muy importante en la ciudad, hasta su expulsión durante el reinado de los Reyes Católicos.

En la Guerra de Sucesión, Borja luchó a favor del Borbón Felipe de Anjou, siendo sitiada el 8 de octubre de 1706 por las tropas “austracistas” del Archiduque Carlos. Por su heróica defensa fue recompensado por el monarca Felipe V que le concedió los títulos de “Ilustre y Fidelísima”, añadiéndo a su escudo de armas la flor de lis y un león rampante con la divisa “Saqueada por ser siempre fidelísima”.

Conoció sus peores momentos durante los siglos XVII y XVIII, debido sobre todo a las enfermedades y al estado de la economía, no siendo hasta el siglo XIX cuando comenzó la recuperación económica, época ésta en la que se implantó la línea ferroviaria Borja-Cortes ya desaparecida.